1930年他取道西伯利亚回国，在东北与张学良相谈甚欢，被张少帅聘为少将军医处长，军饷丰厚。然而，故乡终是他心头沉甸甸的牵挂，曾经待过8年的母校也令他魂牵梦绕。翌年春，瞿立衡借故回家省亲，离开军队，取道上海回南通，张謇之子张孝若在上海为瞿立衡接风，多日的长途跋涉终于使这块璞玉回归南通，张孝若喜不自禁，任命瞿立衡为医院院长。

　　上任之初，瞿立衡对医院设备做了更新，引进太阳灯、电气机及内镜检查装置，并亲自指导施行。《通通日报》称：“治疗效果大放异彩，是病家之福音。”同时，瞿立衡广纳贤才，特聘意大利医学博士贝贡新，著名寄生虫学专家洪式闾，日本帝国大学医学硕士、外科教授黄竺如等医学人才造福医院。

　　抗战结束后，张謇侄子张敬礼主持家业，他邀请瞿立衡回医院担任院长职务，瞿立衡欣然同意。刚逢新中国成立，百废待兴，瞿立衡找到教育部部长朱家骅，提出因抗战时期南通学院医科的仪器、医疗设备流失到江苏医政学院，要求分配联合国救济物资。朱家骅为瞿立衡爱院的行为感动，特批此事，并通知瞿立衡派人到上海拿救济物资，包括铁床200张、X光机3架及活动房子。问渠那得清如许，？为有源头活水来。正是瞿立衡等人的播种灌溉，医院才得以屹立江海、蓬勃发展。